В январе 1942 г. в Шымкенте был размещен, эвакуированный из Московской области, Всесоюзный научно-исследовательский институт лекарственных растений (ВИЛАР).

Старейшее предприятие области, Шымкентский химфармзавод, бесперебойно поставляло фронту лекарственные препараты – морфин, кодеин, анабазин, сапонин. Уже в 1942 г. коллективом завода было освоено производство сальсолина, гиосциамина, аконитина и других препаратов. В годы войны заводчане выпускали продукцию 24 наименований. В 1942 г. завод выдал продукции на сумму  12 млн. 579 тыс. рублей. На базе эвакуированного из г.Москвы алкалоидного завода, в короткий срок было освоено производство обезболивающих препаратов: новокаина, амнопона, морфина, кодеина, а на оборудовании Киевского завода перевязочных материалов, в 1942 г. было выпущено и отправлено в госпитали и на фронт 25 млн. бинтов.

В 1942 г. выдал свою первую продукцию маслоэкстракционный завод.

Завод пресс-автоматов, эвакуированный из г.Воронежа, уже с 1942 г. начал выдавать продукцию для нужд фронта и тыла. Производственное задание первого квартала 1942г. завод выполнил на 115,7%, второго – на 131,8%, третьего – на 164,8% и четвертого – на 220%.

Большие надежды возлагались на трудовые резервы. Контингент учащихся в школах и училищах Южно-Казахстанского межобластного управления трудовых резервов увеличился более чем в 3 раза. Ребята из школ ФЗО постоянно пополняли ряды рабочего класса. За годы войны было подготовлено по различным профессиям 13 тыс. молодых рабочих, в том числе 2.379 шахтеров, 3.870 металлистов и металлургов, 5.766 железнодорожников, 1.315 связистов, 520 станкостроителей.

Великая Отечественная война поставила перед железнодорожниками области исключительно ответственные задачи – обеспечить быстрейшее продвижение всех грузов, воинских эшелонов, вооружения, военной техники, боеприпасов, продовольствия и снаряжения. Железнодорожники Шымкентского отделения железной дороги, станции Арысь и Туркестан сделали все, чтобы обеспечить напряженный ритм перевозок в годы войны, показывая примеры самоотверженного труда.

Основные потребности в топливе южных областей Казахстана удовлетворяли шахты «Ленгеруголь». За 6 месяцев 1943 г. было добыто свыше 570 т угля, который был распределен для отопления школ, больниц, госпиталей, учреждений.

За годы войны колхозы области дали стране 2млн. пудов мяса, 800тыс. литров молока, 100 тыс. крупных кож и более 1 млн. овечьих и козьих. Совхозы области дали фронту и тылу 44тыс.80 пудов шерсти, 294.280 литров молока, 293,9 тыс. пудов мяса и 2 млн. 120 тыс. пудов хлеба.

Самоотверженно трудились хлопкоробы области. Существует расчет специалистов, что тканью, выработанной из хлопка Южного Казахстана, можно было обмундировать 7млн. бойцов Красной Армии.

В годы войны в г.Шымкенте дислоцировалось, эвакуированное из г.Харькова, Чугуевское авиационное училище, где до ноября 1942 г. инструктором служил И.Н.Кожедуб – генерал-полковник авиации, трижды Герой Советского Союза (1944 г., 1945 г.). Уже в январе 1942 г. в составе курсантов было 2.412 человек, в 1943 г. было подготовлено 718 летчиков. В г. Шымкенте училище находилось 3,5 года, до мая 1945 г.

По данным архивов: за ноябрь 1943 г. из Южно-Казахстанской области было призвано 136.653 человека, из них – 124.544 были отправлены на фронт, 12.109 человек – в трудовые отряды. В «Книге памяти» можно найти имена погибших и пропавших без вести в 1941-1945 гг. южноказахстанцев. Книга была издана к 50-летию Победы, осталась актуальной и по сей день. Тома содержат списки 97 тысяч земляков не вернувшихся с войны. Во время Великой Отечественной войны из Южно-Казахстанской области ушло на фронт более 242тыс. солдат, сержантов и офицеров. (Общее число погибших на полях сражений и пропавших без вести составляет 21.547 южноказахстанцев.)

 К 9 Мая 2012 г. в Южно-Казахстанской области в живых – 914 ветеранов войны, из них в г. Шымкенте – 325 человек. В Шымкенте живы Герой Советского Союза – Мирханбай Турганбаев, Кавалер Орденов Славы трех степеней – Карабай Калтаев.

С начала войны область приняла 56 детских домов с 5.897 воспитанниками, которые были размещены в с.Сайраме, в Туркестанском, Тюлькубасском, Кировском, Каратасском, Пахтааральском, Сарыагашском районах, а также в областном центре. Для многих из них южноказахстанская земля стала родным домом.

В области работало 8 эвакогоспиталей, в которых на излечении находилось 3.350 больных и раненых, а в 1944 г. эвакогоспитали приняли 6.489 раненных, из которых 3.619 вернулись на фронт.

В середине 1940-х гг. был реконструирован свинцовый завод, и уже в 1946 г. он увеличил выпуск свинца, металла Доре, проката, повысил извлечение свинца из сырья, при этом производство свинца высших марок возросло в 2 раза. В 1947 г. пост валовой продукции завода составил 38%.

В 1947 г. началось строительство в г.Шымкенте, единственного тогда в Казахстане, хлопчатобумажного комбината.

Маслоэкстракционный завод в 1949 г. преобразован в масложировой комбинат. Введены в строй новые цеха на чулочной фабрике, на заводе пресс-автоматов.

Постановлением Совета народных комиссаров СССР № 679 от 19 июня 1943 г. «Об организации технологического института строительных материалов в г.Чимкенте» был основан Шымкентский химико-технологический институт (до 1995 г. – КазХТИ, ныне – ЮКГУ им.М.О.Ауезова).