Одно из развивающихся направлений деятельности Южно-Казахстанского областного историко-краеведческого музея – развитие международных контактов. Областной музей участвовал в работе международной выставки «Бейтаныс Қазақстан – Азия жүрегіндегі археология», которая состоялась в Германии в городе Бохум. В течение полугода там выставлялись предметы археологии областного музея: предметы ювелирного искусства, образцы керамической посуды, коллекция серебряных средневековых изделий, ритуальные предметы и многое другое.

В рамках международного сотрудничества сотрудники областного музея приняли участие в научной конференции «Прошлое и настоящее Волыни и Полесья. Шацкое поозерье в мировой и украинской истории», которая состоялась в Украине, в городе Луцке. На конференции выступила с докладом старший научный сотрудник отдела археологии А. А. Ержигитова, представив артефакты по результатам археологических экспедиций на Борижарском могильнике.

Также в конференции в г. Новосибирске (Россия) участвовали сотрудники областного музея, представив материалы по результатам археологических изысканий в Южно-Казахстанской области. Сотрудники областного музея участвовали и в научных конференциях в г. Краснодаре (Россия), посетив при этом музеи  Ростова на Дону, Азова, Тамани, Краснодара, в целях ознакомления с экспозиционной и исследовательской работой. В работе Международной археологической конференции в г. Санкт-Петербурге (Россия) сотрудники областного музея представили материалы по результатам археологических экспедиций в Туркестанском районе Южно-Казахстанской области.

Южно-Казахстанский областной историко-краеведческий музей является обязательным участником научных конференций и семинаров, организуемых в музеях Республики Казахстан. В частности, в 2015 г. работники музея участвовали в работе фестиваля, который состоялся в г. Кокшетау, Кокшетауской области РК.

С 2013 г. музей активно включился в программу культурного взаимообмена между областями Казахстана. В рамках этой программы была проведена выездная выставка «Шырайлы Оңтүстік шежіресі» в Жамбылскую область, в городе Тараз. Вниманию жителей Жамбылской области были представлены материалы о природных ресурсах Южно-Казахстанской области, предметы археологии, этнографии, работы современных художников и мастеров прикладного искусства. В 2014г. областной музей принял участие в мероприятии по программе культурного взаимообмена между областями Казахстана Областной музей и его филиал «Көркемсурет галерея» организовали выставку «Қазыналы Оңтүстік», которая состоялась в городе Актау Мангыстауской области. На выставке также были представлены материалы из фондов Отырарского, Ордабасинского, Кентауского музеев Южно-Казахстанской области. То есть была проведена работа по сотрудничеству с музеями Южно-Казахстанской области.

Активно проводится научная исследовательская работа по изучению памятников археологии и архитектуры в рамках сотрудничества с научными учреждениями Казахстана. Совместно с сотрудниками филиала института археологии им. А. Х. Маргулана сотрудники облмузея приняли участие в изысканиях на поселении Борлысай в Байдибекском районе. Состоялась экспедиция в Сузакский район по изучению наскальных рисунков в местности Танбалы тас.

С 2011 г. сотрудники областного музея принимают участие в работе Туркестанской археологической экспедиции института археологии им. А. Х. Маргулана, исследуя городище Культобе.

Сотрудники областного музея также участвуют в археологических экспедициях Южно-Казахстанского государственного педагогического института, руководителем которых является профессор А.Н.Подушкин. Изыскания проводятся на городищах, поселениях и курганах, расположенных в Ордабасинском районе, в долине реки Арысь. Это исследования на поселениях Культобе и Кылышжар, курганах Культобе.

Сотрудники областного музея совместно с астанинским филиалом института археологии им. А. Х. Маргулана участвовали в научных изысканиях, в соответствии с планом «Қазақ даласының ортағасырдағы мәдени-тарихи процесстері», в ущелье Угам Толебийского района. Были исследованы объекты Терексай, Ушбастобе.

По программе «Мәдени мұра» проводятся ежегодные археологические исследования на могильнике Борижары. Городище Жуантобе и Борижарский могильник исследуются совместно с археологической экспедицией института археологии им. А. Х. Маргулана. В ходе работ исследуется городище Жуантобе, вскрываются погребения разных типов, в результате чего сотрудники музея получают новые артефакты.

Сотрудники музея считают необходимым привлекать детей уже с 4-5-летнего возраста для коллективного посещения музея, начиная со средней группы дошкольных образовательных учреждений г. Шымкента. Для данной целевой аудитории предлагается курс «Музей и мир вокруг нас», рассчитанный на годовое обучение. Деятельность в этом направлении осуществляется ежегодно. Работа строится на принципах наглядного обучения, в процессе которого главным источником знаний выступает музейный предмет. Использование музейных подлинников представляет широкие познавательные, воспитательные и развивающие возможности:

во-первых, воздействуя на эмоциональную сферу, пробуждает эстетические чувства, стимулирует воображение и фантазию, заставляет выйти за рамки непосредственного созерцания и «погрузиться» в прошлое, представить тот мир и среду, где бытовал предмет, людей, которые могли бы им пользоваться, их внутренний мир, психологию;
во-вторых, зрительный анализ внешних и внутренних качеств музейного предмета формирует у ребенка исследовательскую и познавательную активность, умение использовать предмет в качестве информационного источника, развивает самостоятельное мышление на основе наблюдения;
в-третьих, в процессе изучения музейного предмета выявляется многообразие его смыслов и значений (художественное, эстетическое, историческое, культурное, нравственное, общественное, мемориальное, научное, техническое и т. д.).

Данная программа предполагает тесное взаимодействие музейного работника и воспитателя, что позволяет гармонично соединить принципы и методику дошкольного образования и музейной педагогики. Являясь порциальным, курс сочетается с любой дошкольной общеразвивающей программой. Структура программы предполагает изучение каждой темы в музее, с этой целью проводятся подготовительные занятия, а также открытые уроки, и закрепляется ее усвоение непосредственно в детском саду.

На 2015 г. разработана программа сотрудничества с детскими садами г. Шымкента «Салтанат», «Жадыра», «Бала би» - «Саламатсың ба, мұражай!». Это открытые уроки, мероприятия, конкурсы и тематические занятия с воспитанниками детских садов. Тематика совместных мероприятий: «Келіңіз, мұражаймен танысайық» (Приходите, музей ждет), «Ғажайып ертегілер әлемінде» (мероприятие), «Наурыз - думан» (Праздник - Наурыз) (мероприятие), «Ер қаруы – бес қару», «Қиял толқыны» (Мир вокруг) (конкурс рисунков), «Менің Туым, менің Елтаңбам, менің Әнұраным» (Мой Флаг, мой Герб, мой Гимн) (открытый урок), «Ұлттық ойындар» (Национальные игры) (открытый урок), «Алтын күз» (Золотая осень) (открытый урок), «Аяласаң табиғатты аяла» (открытый урок).

Исторически сложилось так, что более половины посетителей музея составляют учащиеся различных образовательных учреждений г. Шымкента и Южно-Казахстанской области. Наиболее широкомасштабно музей сотрудничает со школами. Работа организуется разнопланово. В средних школах, где организованы школьные музеи, сотрудники оказывают методическую помощь для их продуктивной деятельности. Для этого проводятся методические семинары, смотры-конкурсы музееведческой тематики между учащимися школ. Музей приглашает школьные музеи участвовать в некоторых выставках.

Учащиеся начальных классов и средней школы посещают музей обычно по предварительной договоренности, темы определяются совместно с педагогом. Экскурсии и занятия структурированы по тематическим блокам, включающим от 5 до 20 тем: патриотическое воспитание, история и краеведение, декоративно-прикладное искусство, культурно-бытовые традиции и государственные праздники РК, природа и экология, изобразительное искусство. Каждое занятие состоит из интерактивной части и предполагает выполнение практических заданий.

Для привлечения в музей учащихся старших классов, колледжей проводятся интеллектуальные игры, позволяющие объединить музей, образовательное учреждение, Центр детства и юношества г. Шымкента, Южно-Казахстанскую областную детскую туристическую станцию. Одним из главных направлений творческого сотрудничества является изучение истории края. Часто местом проведения интеллектуальных игр становится экспозиция музея и выставочный зал. Интеллектуальные игры часто являются завершающим этапом экскурсий по экспозиции музея, составным компонентом мероприятий и праздников, организуемых музеем.

Интеллектуальная игра предполагает большую предварительную работу: посещение выставок и экспозиций, консультации с научными сотрудниками по заданной теме, работу в библиотеке, научном архиве, продумывание творческих конкурсов, подготовку театрализованного домашнего задания. Интеграция музея, школы, учреждений дополнительного образования позволяет расширить поле деятельности по изучению культурно-исторического наследия родного края. Музеем были проведены такие интеллектуальные игры, как «Лекарственные растения Южно-Казахстанской области», «Древние города Южного Казахстана», «Военные доспехи и вооружение казахского воина», «История города Шымкента», «Туркестан – город древний», «Казахские традиционные промыслы и ремесла», «Шымкент - современный», «Памятники культовой архитектуры», «Листая страницы прошлого». Масштабные интеллектуальные игры проходят в два этапа: заочная викторина и финальная игра в музее. Используются предварительные творческие, поисковые задания, например, «Южно-Казахстанская область в XIXв.», «О чем рассказывает музейный экспонат» (определяются музейные предметы, после ознакомления с которыми учащиеся получают задания) – например, составляются кроссворды, готовятся конкурсные выступления с элементами театрализации, проводится блиц-турнир на знание примет эпохи, костюма, традиций и др.

Интеллектуальная игра позволяет активизировать деятельность молодежи, стимулирует познавательный интерес к истории и музею, формирует стремление к постоянному пополнению багажа знаний. Элемент соревновательности позволяет учителям объективно оценить уровень знаний учащихся, выявить одаренных детей; научным сотрудникам найти заинтересованных ребят, которые впоследствии будут заниматься исследовательской деятельностью, участникам – объективно оценить свои возможности, развить навыки совместной мыслительной деятельности.

Для данной целевой аудитории чрезвычайно актуальными являются детские музейные праздники. Практикуется проведение праздников по народному календарю, таких как «Наурыз», национальные обряды. Ребята принимают активное участие в народных играх, знакомятся с традициями и обычаями, с удовольствием подготавливают национальные костюмы и головные уборы, чем создается особая атмосфера. В целях ознакомления с историческим и культурным наследием, популяризацией деятельности музея, воспитания патриотизма было проведено мероприятие «Мұражай және мектеп». Во время каникул для воспитанников летних пришкольных лагерей музей организует выставки и мероприятия «Ту,  Елтаңба,  Әнұран  тірегіміз - Туған  ел деп соғады жүрегіміз», в соответствии с государственными праздниками, которые знакомят подрастающее поколение с государственными символами Республики Казахстан.

По программе сотрудничества со средними школами и школами-интернатами проводится работа в виде участия музея в школьных праздниках и мероприятиях, организация музеем выставочной работы, лектория. Регулярно с учащимися проводится экскурсионная работа по тематическим разделам экспозиции музея, которая завершается обязательным проведением викторин соответствующей тематики. Темы лекций для школы-интерната: «Қазақ хандығына 550 жыл», «Наурыз - думан», «Қазақтың киіз үйі», «Ұлы Жеңістің 70 жылдығы аясында «Отан үшін от кешкендер»», «XVII - XVIII ғғ. қазақ батырлары», «Төл теңгенің тарихы», «Әлем таныған - Елбасы». Темы лекций и экскурсий для учащихся средних школ: «Қазақ хандығына 550 жыл», «Нашақорлыққа жол жоқ», «Қазақстан халықты Ассамблеясына 20 жылдығы аясында «Көпұлттылық – біздің мақтаныш!»», «Ұлы Жеңістің 70 жылдығына орай «Ұрпаққа ұран болған ұлы ерлік»», «Өз денсаулығыңа зиян келтірме», «Рәміздерім - мақтанышым», «Туған жер тұғырым».

В настоящее время, благодаря интерактивности, музейные образовательные программы становятся более открытыми и интегрированными. Они расширяют свое образовательное и топографическое пространство и органично совмещают развлекательную, рекреационную и просветительскую функции. Ежемесячно в ходе учебного процесса проводятся тематические онлайн-лекции для учащихся средних школ Южно-Казахстанской области, на базе гимназии № 8 им. Дулати, а также для студентов высших учебных заведений Южно-Казахстанской области, на базе ЮКГУ им. М. О. Ауезова, соответственно разработанной тематике. Онлайн-лекции сопровождаются показом тематического фотоматериала из фондов музея, фотографиями экспонатов, раскрывающими содержание лекций.

Помимо этого музей сотрудничает с вузами г. Шымкента. Студенты, также как и учащиеся школ и колледжей, являются участниками мероприятий и праздников музея. На базе музея студенты факультетов «Музейное дело и охрана памятников», «Культурологии» ЮКГУ им. М. Ауезова ежегодно проходят практику, активно включаясь в жизнь и деятельность музея, углубленно знакомятся с направлениями работы музея, выполняют практические задания, получают теоретические сведения. В ходе практических занятий, проводимых на базе экспозиций и выставок музея, студенты получают основные навыки экскурсионной работы, осваивают методики ведения музейных экскурсий, приобретают опыт по созданию и оформлению различного вида экспозиций.

Экспозиция музея является основой для сотрудничества с Детской художественной школой, Школой искусств, Художественным колледжем им. Кастеева. Учащиеся этих учебных заведений проводят совместно с сотрудниками музея практические занятия по изобразительному искусству, предварительно познакомившись с отдельными историческими событиями, подтвержденными артефактами, представленными в экспозиции. Результатом занятий становится конкурс рисунка, тематика которого определяется совместно сотрудниками музея и преподавателями. Победители отмечаются грамотами и памятными подарками.

Активно сотрудничает музей и с военнослужащими, которые служат в войсковых подразделениях в Южно-Казахстанской области. Военнослужащие – частые посетители музейной экспозиции и выставок, а также мероприятий музея. Ежегодно сотрудники музея и руководство войсковых частей составляют программу по патриотическому воспитанию военнослужащих. Программа сотрудничества с Военно-технической школой Военного министерства РК - «Ел қорғау - ердің міндеті». Это лекторий и выездные выставки, которые обычно планируются на один год. Темы лекций: «Қазақ хандығына 550 жыл», «Жауынгер және жасұлан», «Қазақстан халқы Ассамблеясының 20 жылдығы аясында «Ассамблея - еліміздегі этносаралық келісімнің үлгісі»», «Ұлы Жеңістің 70 жылдығына орай «Ерен ерліктері есімізде»», «Рәміздерім - мақтанышым», «Менің Қазақстаным! Менің Астанам!», «Тәуелсіздік тұғырын бекіткен - Елбасы», «Тәуелсіздік шежіресі».

Программа сотрудничества с военной частью 6506 Национальной гвардии РК, а также с военной частью 6698 Внутренних войск РК – «Өзің қызмет етіп жүрген өлкең». Это годовой лекторий, сопровождаемый тематическими выставками музея. Темы лекций: «Қазақ хандығына 550 жыл», «Ерлік елге мұра», «Ассамблея – еліміздің бірлігі мен келісімінің тірегі», «Ұлы Жеңістің 70 жылдығы аясында «Ұрпаққа ұран болған ұлы ерлік»», «Мемлекеттік рәміздер – ұлттық мақтаныш», «Айбыны асқан - Астана», «Азат елдің ар-намысы – Ата Заң», «Тіл – татулық тірегі». В конце года для военнослужащих проводятся конкурсы и викторины, которые подводят итог результативности проведенной программе. Победители награждаются памятными подарками.